董其昌繪畫擅長山水，師法董源、倪瓚等人，喜純用水墨。書法初學顏真卿的《多寶塔帖》，之後改學虞世南，又溯及魏、晉，臨摹鍾繇、王羲之，參以李邕和柳公權，特色「平淡天真」。其山水畫如《關山雪霽圖》、《秋興八景冊》、《江干三樹圖》、《山川出雲圖》、《山居圖》屬明朝的巔峰之作。傳世書法作品以行書最多，代表作品有小楷書《月賦》，繼祝枝山、文徵明後對後世極有影響。

他的書法以行草書造詣最高，行書以“二王”為宗，又得力於顏真卿、米芾、楊凝式諸家，趙孟頫的書風也或多或少的影響到他的創作。草書植根於顏真卿《爭座位》和《祭侄稿》，並有懷素的圓勁和米芾的跌宕。用筆精到，能始終保持正鋒，作品中很少有偃筆、拙滯之筆；用墨也非常講究，枯濕濃淡，盡得其妙；風格蕭散自然，古雅平和，或與他終日性情和易，參悟禪理有關。許多作品行中帶草，用筆有顏真卿率真之意，體勢有米芾的側欹，而佈局得楊凝式的閒適舒朗，神采風韻似趙孟頫，輕捷自如而風華自足。董其昌對自己的楷書，特別是小楷也相當自負。

董其昌學識淵博，精通禪理，是一位集大成的書畫家，在中國美術史上具有一定的地位，其《畫禪室隨筆》是研究中國藝術史的一部極其重要的著作。